Là nguyên tố hoạt hóa rất nhiều men của các quá trình quang hợp, hô hấp và cố định nitơ phân tử, có vai trò xúc tác trong một số phản ứng men và chu trình sinh lý, kiểm soát oxy trong tế bào ở cây pha sáng và tối.

Triệu chứng điển hình khi cây thiếu Mn là phần gân lá và mạch dẫn biến vàng, nhìn toàn bộ lá có màu xanh sáng, về sau xuất hiện các đốm vàng ở phần thịt lá và phát triển thành các vết hoại tử trên lá, triệu chứng thiếu thường xảy ra ở lá non. Nếu thiếu nghiêm trọng sẽ gây khô và chết lá. Có một ít Mn di chuyển từ lá già đến lá non. Thiếu Mn xuất hiện trên lúa nương nhưng không phổ biến trên đất lúa nước bởi vì trong điều kiện ngập nước thì độ độ hòa tan của Mn tăng.

Nguyên nhân thiếu Mn là do hàm lượng Mn dễ tiêu trong đất ít, do nồng độ Fe trong đất lớn, sức hút Mn của cây giảm vì nồng độ Ca²⁺, Mg²⁺, Zn²⁺ hoặc NH4⁺ trong dung dịch đất lớn, bón vôi cho đất chua quá nhiều, sức hút Mn giảm vì có sự tích lũy H₂S. Các loại đất có khuynh hướng thiếu Mn như các loại đất cạn chua, các loại đất kiềm và đá vôi có hàm lượng chất hữu cơ thấp và một lượng nhỏ Mn có thể bị khử, các loại đất bạc màu chứa hàm lượng Fe hoạt tính cao, các loại đất cát dễ bị rửa trôi mà chứa ít Mn, các loại đất phèn cổ dễ bị rửa trôi có hàm lượng bazơ thấp, các loại đất hữu cơ, canxi và kiềm, các loại đất phong hóa mạnh có lượng Mn tổng số nhỏ.

Cung cấp Mn cho cây bằng việc bón gốc MnSO₄ hoặc bột MnO, phun MnSO₄ qua lá, chelate Mn…